São órgãos do Consórcio FCT-CEE:

– Conselho de Orientação e Fiscalização;
– Comissão Executiva.

O Conselho de Orientação e Fiscalização é o órgão máximo da estrutura do Consórcio. É composto por um representante legal de cada um dos Membros e é presidido pelo representante da instituição designada como “Chefe do Consórcio”, para um mandato inicial de três anos.

A Comissão Executiva é constituída por um número ímpar de membros, entre três a cinco. Neste momento é composta pela FEUP, IST e FCT Nova. Esta Comissão é presidida por Pedro Arezes (EEUM), Diretor Executivo do Consórcio até 2024.